Dar statant, tvirtinant ir plečiant Pusiasalio pilį, XIV a. II pusėje pradėta Salos pilies statyba vienoje iš didesnių Galvės ežero salų. Pirmajame statybos etape Salos pilis buvo pereinamojo tipo iš aptvarinės į konventinę, kurią sudaro raidės „U“ formos kunigaikščių rūmai ir priešpilis. Manoma, kad Salos pilį pradėjo statyti Kęstutis, o XV a. I pusėje baigė jo sūnus Vytautas. Ji buvo statyta kaip tvirtovė apsiginti nuo priešų ir niekad nebuvo paimta užpuolikų.
Antrajame statybos etape pilis pradėta statyti pagal kitą planą: tarp rūmų korpusų sumanyta pastatyti 9,2×9,6 m dydžio šešių aukštų donžoną (33 metrai), o salos pakraščiu – gynybinę sieną su kontraforsais. Pilies architektūra gotikos stiliaus, bet kai kurie elementai turėjo ir romaninio stiliaus bruožų. Visos patalpos buvo skliautuotos, langų angokraščiai puošti profiliuotomis plytomis. Rūmų dešiniojo korpuso antrame aukšte buvo reprezentacinė menė, langus puošė vitražai. Apie Salos pilies architektūrą, kaip ir apie Pusiasalio pilį, pirmą kartą užsimena flamandų keliautojas Žiliberas de Lanua, nurodydamas, kad ,,antra pilis stovi vidury kito ežero, per patrankos šūvio atstumą nuo senosios. Ji yra visai nauja, pastatyta iš plytų prancūzų pavyzdžiu”. Paskutiniajame pilies statybos etape buvo įrengta fosa, skirianti kunigaikščio rūmus nuo priešpilio, jis aptvertas gynybine siena su bokštais, pastatyti kazematai. Pietiniuose ir trikampiuose kazematuose buvo virtuvės, vakarinių kazematų apatiniuose aukštuose buvo sandėliai, o antrame gyveno tarnai. Pietvakariniame pilies bokšte buvo kalėjimas. Priešpilis įgavo netaisyklingos trapecijos formą.
Žalgirio mūšio išvakarėse išplėsta pilis buvo naujoviška, flanginei gynybai pritaikyti kampiniai priešpilio bokštai turėjo 15 patrankų. Po Žalgirio mūšio (1410 m.), sutriuškinus Kryžiuočių ordiną, Salos pilis tapo didžiojo kunigaikščio rezidencija. XV a. pr. Trakai buvo klestintis miestas, jame lankėsi daug pirklių, garbingų svečių, užsienio pasiuntinių, kurie buvo priimami Salos rūmų reprezentacinėje menėje. 1413 m. Salos pilyje priimtas imperatoriaus Zigmanto pasiuntinys Benediktu Makra, paskirtas arbitru ginčui su Ordinu dėl Žemaitijos sienų spręsti. Trylika kartų 1413-1430 m. čia lankėsi Lietuvos didžiojo kunigaikščio Vytauto pusbrolis Lenkijos karalius Jogaila.
XVI a. praradus karinę funkciją ir netekus rezidencijos vaidmens, Salos pilies reikšmė sumenko, didieji kunigaikščiai į ją užsukdavo vis rečiau. Salos pilyje saugota Lietuvos Metrika 1511 m. perkelta į Vilnių. Salos pilis tampa kilmingų asmenų kalėjimu.
Po niokojančios 1655–1661 m. carinės Rusijos invazijos Trakų miestas buvo apiplėštas ir sudegintas, Salos pilis apgriauta ir nebuvo atstatoma, miestas jau neatsigavo ir tapo provincijos miesteliu.
XIX a. romantizmo idėjos skatino domėtis Lietuvos praeitimi, o ypač Trakų pilimis. Dailininkai tapė Salos pilies griuvėsius, išlikusius ant sienų freskų fragmentus, architektai, inžinieriai ruošė pilies restauravimo projektus. Inžinierius. B. Malevskis parengė priešpilio pietrytinio bokšto fragmentinio restauravimo ir konservavimo projektą. Nors atlikti darbai buvo nedideli, bet Salos pilies išsaugojimo istorijai jie labai reikšmingi. 1929–1941 m. pilies restauravimo darbams vadovavo lenkų inžinierius, architektas J. Borovskis. Tuo laikotarpiu buvo sustiprinta mūrų apačia, restauruota dalis kampinių kontraforsų, pašalintos griuvenos nuo fasado, sustiprintas donžonas, pradėta atstatinėti reprezentacinė salė.
Po II Pasaulinio karo Trakų pilių konservavimo, restauravimo ir atstatymo darbus tęsė lietuvių restauratoriai.1953 m. prasidėjo pilies restauravimo darbai. 1962 m. pagal architekto B. Krūminio projektą buvo atstatyti centriniai rūmai, o vadovaujant architektui St. Mikulioniui 1987 m. baigtas restauruoti priešpilis. Atstatyti priešpilio kampiniai bokštai, vakariniai kazematai pakeitė ir visos pilies tūrinę erdvinę kompoziciją. Lietuvos ir Trakų miesto simbolis – Salos pilis atgavo XV amžiaus vaizdą. Atkūrus nepriklausomą Lietuvą, čia vėl priimami garbingi svečiai, pasirašomos sutartys.
1962 m. Salos pilis perduota Trakų istorijos muziejui. Čia įrengtos ekspozicijos, veikia parodos, vyksta koncertai, festivaliai, šventės. Kasmet pilį aplanko tūkstančiai lankytojų.
