Dar statant, tvirtinant ir plečiant Pusiasalio pilį, XIV a. II pusėje pradėta Salos pilies statyba vienoje iš didesnių Galvės ežero salų. Pirmajame statybos etape Salos pilis buvo pereinamojo tipo iš aptvarinės į konventinę, kurią sudaro raidės „U“ formos kunigaikščių rūmai ir priešpilis. Manoma, kad Salos pilį pradėjo statyti Kęstutis, o XV a. I pusėje baigė jo sūnus Vytautas. Ji buvo statyta kaip tvirtovė apsiginti nuo priešų ir niekad nebuvo paimta užpuolikų.
In the second construction phase, the castle was redesigned: a six-story donjon tower measuring 9,2 × 9,6 meters (33 meters high) was planned between the palace wings, and a defensive wall with buttresses was built along the edge of the island. The castle’s architecture is Gothic, though some elements reflect Romanesque features. All rooms had vaulted ceilings, and the window frames were decorated with profiled bricks. On the second floor of the palace’s right wing, there was a representative hall with stained glass windows. The first written mention of the architecture of the Island Castle, like that of the Peninsula Castle, was made by Flemish traveler Ghillebert de Lannoy, who noted that “the second castle stands in the middle of another lake, a cannon shot away from the old one. It is entirely new, built of brick in the French style.” In the final construction phase, a moat was created to separate the ducal palace from the forecourt, which was surrounded by a defensive wall with towers and casemates. The southern and triangular casemates housed kitchens, the lower floors of the western casemates were used for storage, and servants lived on the second floor. A prison was located in the southwest tower of the castle. The forecourt acquired an irregular trapezoidal shape.
Žalgirio mūšio išvakarėse išplėsta pilis buvo naujoviška, flanginei gynybai pritaikyti kampiniai priešpilio bokštai turėjo 15 patrankų. Po Žalgirio mūšio (1410 m.), sutriuškinus Kryžiuočių ordiną, Salos pilis tapo didžiojo kunigaikščio rezidencija. XV a. pr. Trakai buvo klestintis miestas, jame lankėsi daug pirklių, garbingų svečių, užsienio pasiuntinių, kurie buvo priimami Salos rūmų reprezentacinėje menėje. 1413 m. Salos pilyje priimtas imperatoriaus Zigmanto pasiuntinys Benediktu Makra, paskirtas arbitru ginčui su Ordinu dėl Žemaitijos sienų spręsti. Trylika kartų 1413-1430 m. čia lankėsi Lietuvos didžiojo kunigaikščio Vytauto pusbrolis Lenkijos karalius Jogaila.
In the 16th century, after losing its military and residential functions, the Island Castle declined in importance. The Grand Dukes visited it increasingly less often. The Lithuanian Metrica, which had been stored in the castle, was moved to Vilnius in 1511. The castle was repurposed as a prison for noble individuals.
Po niokojančios 1655–1661 m. carinės Rusijos invazijos Trakų miestas buvo apiplėštas ir sudegintas, Salos pilis apgriauta ir nebuvo atstatoma, miestas jau neatsigavo ir tapo provincijos miesteliu.
XIX a. romantizmo idėjos skatino domėtis Lietuvos praeitimi, o ypač Trakų pilimis. Dailininkai tapė Salos pilies griuvėsius, išlikusius ant sienų freskų fragmentus, architektai, inžinieriai ruošė pilies restauravimo projektus. Inžinierius. B. Malevskis parengė priešpilio pietrytinio bokšto fragmentinio restauravimo ir konservavimo projektą. Nors atlikti darbai buvo nedideli, bet Salos pilies išsaugojimo istorijai jie labai reikšmingi. 1929–1941 m. pilies restauravimo darbams vadovavo lenkų inžinierius, architektas J. Borovskis. Tuo laikotarpiu buvo sustiprinta mūrų apačia, restauruota dalis kampinių kontraforsų, pašalintos griuvenos nuo fasado, sustiprintas donžonas, pradėta atstatinėti reprezentacinė salė. 
Po II Pasaulinio karo Trakų pilių konservavimo, restauravimo ir atstatymo darbus tęsė lietuvių restauratoriai.1953 m. prasidėjo pilies restauravimo darbai. 1962 m. pagal architekto B. Krūminio projektą buvo atstatyti centriniai rūmai, o vadovaujant architektui St. Mikulioniui 1987 m. baigtas restauruoti priešpilis. Atstatyti priešpilio kampiniai bokštai, vakariniai kazematai pakeitė ir visos pilies tūrinę erdvinę kompoziciją. Lietuvos ir Trakų miesto simbolis – Salos pilis atgavo XV amžiaus vaizdą. Atkūrus nepriklausomą Lietuvą, čia vėl priimami garbingi svečiai, pasirašomos sutartys.
In 1962, the Island Castle was transferred to the Trakai History Museum. Exhibitions were installed, and the castle became a venue for displays, concerts, festivals, and celebrations. Each year, thousands of visitors come to explore the castle.